كانت الأراضي التي يقع فيها هذا المقام تعرف بالجعفريات، وهي من موقوفات الشيخ أمين الدين الخيرية ، وهي ضمن الأراضي والعقارات العائدة له في الحائر الحسيني ، ويرجع تاريخها إلى سنة 904 هـ .

وقد شيد هذا المقام رمزاً تذكارياً من قبل الزعيم البكتاشي جهان دده (كلامي) الشاعر الصوفي الذي كان حياً سنة 970 هـ . ويعرف المكان هذا بشريعة الإمام جعفر بن محمد وهو المكان الذي اغتسل فيه الإمام جعفر الصادق في نهر الفرات قبيل زيارته للحائر وموقعه في أراضي الجعفريات على الشاطى الغربي من نهر العلقمي . حيث يجد الزائر مزاراً مشهوراً عليه قبة عالية من القاشاني تحيط به البساتين والناس يقصده للزيارة.

ومما يجدر ذكره أن هذا المقام كان المطاف الأخير للفرقة الاسماعيلية المعروفة (البهرة) حيث لم يكن يسمح لرجالها بالدخول إلى كربلاء لزيارة العتبات المقدسة حتى سنة 1262 هـ، وذلك بعد وفاة العلامة السيد ابراهيم القزويني صاحب الضوابط، إذ أجاز العلامة الشيخ زين العابدين المازندراني بإصدار فتوى للسماح لهم في الدخول إلى كربلاء.

والمقام المذكور يقع على طريق العربات المؤدي إلى مدينة كربلاء عبر نهر الحسينية المار بقنطرة الحديبة وهو الطريق الرئيسي بين بغداد وكربلاء.

 وورد في موسوعة (دائرة المعارف): إن الإمام جعفر الصادق جاء لزيارة جده أمير المؤمنين فلما أدى مراسيم الزيارة خرج إلى كربلاء واغتسل ولبس ثياب الطهر وتوجه ماشيا نحو قبر جده وعند وصوله إلى باب الحرم الشريف انكب على القبر وقال: السلام عليك يا وارث آدم صفوة الله... ثم كر راجعا إلى الغاضرية وبقي فيها وسميت تلك الأراضي بالجعفريات في شمالي كربلاء.

تعرض المقام الشريف للهدم مرتين في ايام النظام البعثي الظالم الأولى كانت عام 1412هـ (1991م) بعد الانتفاضة الشعبانية والثانية قبل عدة سنوات على يد دائرة الأمن المجاورة للمقام الشريف.

 واليوم عندما تدخل إلى المقام تجد ساحة جميلة تتوسطها نخله سمعنا عنها قصة حيث قطعت هذه نخلة بالأيدي الآثمة ولكن شاءت القدرة الربانية أن نبتت مكانها نخلة أخرى دون أن يقوم أحد بزراعتها.

وقال السيد مرتضى الموسوي انه والسيد محمد بحر العلوم استلما المقام سنة 2000م في الثامن من شهر رمضان المبارك وكان المقام يفتقر لأي خدمة وليس فيه سقف والأرض التي تحيط به غير مهيأة للصلاة وكان مزارا بسيطا عبارة عن حائط طوله متر وارتفاعه تقريبا متر ونصف ومعلقة عليه زيارة تقريبا قياسها 40سم في 60 سم وشمعة 20 واط.

ولان المقام كان قريبا من دائرة أمن النظام المقبور السابق وكانت عملية الإعمار والبناء ممنوعا بجوار هذه الدائرة المنبوذة، فقاموا بهدم هذا البناء المتواضع لأن البعثيين منعوا ذلك وترك الأمر على حاله فترة من الزمن.

وبعد سقوط النظام وتدفق الزوار على مدينة كربلاء المقدسة لزيارة الإمام الحسين (عليه السلام) بنيت مظلة بسيطة لوقاية الزائرين من الشمس والمطر وتم ترتيب حائط ومحراب ولكن لم يوضع له سقف.

ثم بعد ذلك قام المؤمنون وبمساعدة العتبة الحسينية والعباسية بترميم وصيانة المقام بهذه الصور التي هو عليها الآن.