في العاشر من ربيع الثاني 201 هـ توفيت السيدة المعصومة عليها السلام دون أن ترى أخاها. ودمعة عينها وغم فؤادها لم تسكن ولم تنقض لفراقه. فجع أهل قم بتلك المصيبة وفي غاية الحزن لوفاتها أقاموا العزاء عليها. وتكفلت نساء الشيعة ومحبات أهل البيت عليهم السلام باحترام كبير غسل الجسد المطهر للسيدة المعصومة وكفنوها. وعندما حان وقت الدفن رأى زعماء الأشعريين ووجوههم أن يدفن الجسد الطاهر في مكان مناسب غير المقبرة العامة. وإنما عزموا هذا الأمر لما يهمهم من شدة الإحترام لبنت الإمام الكاظم عليه السلام ولم يرغبوا أن تدفن بجنب الآخرين. فانتهت مراسم الدفن بكل احترام بين حزن الشيعة وبكائهم، وأصبحت مدينة قم التي سميت بحق "عش آل محمد عليهم السلام" مزار بضعة الإمام الكاظم عليه السلام. ثم إن موسى بن خزرج أوقف بستانه ـ احتراما لمزار السيدة ـ للمسلمين، كى يدفن شيعة علي عليه السلام موتاهم حول المرقد الشريف. ثم بنى أهل قم كوخا من الحصر على مرقد السيدة المعصومة عليها السلام، وبعد مضي خمسين سنة وباهتمام من السيدة زينب بنت الإمام الجواد عليها السلام بنيت أول قبة على قبر السيدة المعصومة. ثم جدد بناء الحرم المطهر من قبل محبى وشيعة أهل البيت عليهم السلام وتوسع حتى أصبح بالشكل الذى هو عليه الآن. وبعد سنوات من وفاة السيدة المعصومة دفنت عدة من بنات الأئمة بجوار المزار الشريف ما يوجب مزيد من أهمية هذه التربة المباركة الطاهرة. على طول التاريخ كان الحرم المنور للسيدة المعصومة ملاذا للشيعة وسبب خير وبركة لأهل قم. وكم من المحتاجين يسرت حاجاتهم، وكم من المرضى نالوا الشفاء بفضل كريمة أهل البيت عليهم السلام، ويوم القيامة ستأخذ إن شاء الله بأيدي زوارها إلى شاطى‏ء النجاة، "يا فاطمة اشفعى لنا في الجنة...". وروي عن الإمام الصادق عليه السلام أنه قال: "إنها تدخل كل شيعتنا الجنة بشفاعتها". والسلام عليها يوم ولدت ويوم ماتت ويوم تبعث حيا.