تطلق عليها قديما هنديكان أو انديكان، وكانت تسمى الميناء التجارية بالقرب منها مهرويان أو مهروبان فكانت نقطة تجارية للعيلاميين.

ينقسم نهر يحمل إسم هنديجان أو "زهره" المدينة إلى قسمين الشمالي والجنوبي.

وحول معنى المدينة ، فيذهب المؤرخون على أن نهر زهرة بمعنى "آلهة الماء" باللغة السنسكريتية فتعني هنديجان " أرض الماء ". غير أن هناك كان يسكن عدد من التجار الهنود المدينة.

يدعى الميناء الموجود في مدينة هنديجان  "بحركان" أيضا. فهو يقع على بعد 12 كم من مدينة هندجان، أكبر ميناء لصيد الأسماك في خوزستان وإحد أهم مناطق الصيد السياحي وصيد الأسماك والروبيان في المحافظة.

كما تعتبر المدينة واحدة من الموانئ التجارية في خوزستان، ولها حدود مائية 95 كم مع الخليج الفارسي ومرفئين هما بحركان وسجافي.

ويوجد في ميناء بحركان أكبر مرفئ للصيد في البلاد ويبلغ طوله حوالي 1،550 متر.

نظرًا لقربها من شواطئ الخليج الفارسي، فإن معظم سكان مدينة هنديجان في جنوب خوزستان يعملون في صيد الأسماك.