لم تنقض فترة طويلة على عودته إلى مدينة مشهد المقدسة (شمال شرقي ايران)، حتّى بدأت والدته السيدة خديجة بالبحث عن عروس لابنها الثاني واقترحت عليه فتاة تربّت في عائلة متديّنة. ومن ثم أعدت والدته مقدمات المراسم إذ قطعت نفس المراحل السابقة منذ أربعة أو خمسة أعوام، ولكن هذه المرّة لأجل ابنها السيّد علي.

والد العروس الحاج إسماعيل خجسته باقرزاده، كان صاحب متجر في مشهد ومن المثقفين والمتدينين.

وافق والد العروس على أن يتم عقد قران ابنته على احد طلبة العلوم الدينية عائد من مدينة قم وينوي العيش في مدينة مشهد، كان آية الله ميلاني احد كبار علماء الدين في المدينة وكذلك كبار أهل العلم يعرفونه ويكنّون له مشاعر الودّ والثقة والاحترام.

تمّ تأمين نفقات الزّواج، القسم الذي كان مقرّراً أن يكون على عاتق العريس، تم تأمينه بواسطة والده آية الله الحاج السيد جواد خامنئي ولم يكن مبلغاً كبيراً.

أما نفقات مراسم عقد القران فقد تقرر أن تكون بعهدة عائلة العروس.

وفي بدايات خريف عام 1964م عقد السيّد علي الخامنئي قرانه على السيّدة خجسته وعقد قرانهما آية الله ميلاني.

منذ ذلك الحين، دخلت حياة السيد الخامنئي زوجة لايزيد عمرها على الستة عشر ربيعاً ورافقته وساندته في كافة مراحل حياته السياسية الصعبة كما رافقته في أيام الرخاء المعدودة.

تمّ تأمين بطاقات الدعوة والاتفاق على يوم العرس وحدد مكان اقامته في منزل والد العروس.

تلك الليلة كان السيد الخامنئي واقفا على بوابة المنزل يستقبل الضيوف. وجرت المراسم وفق تقاليد العوائل الملتزمة والمتديّنة في ذلك الوقت.

بعد انتهاء مراسم عقد القران وقبل العيش في منزل واحد، علمت العروس الجديدة أنّ رفيق دربها ذا الأعوام الخمسة والعشرين يشارك في ساحات النضال والكفاح السياسي ضد النظام الملكي الجائر.

يقول السيد الخامنئي "لم تمض سوى أيام أو أسابيع على خطبتنا حتى طرحت عليها القضايا السياسية ذات الصلة بي.. ربّما كانت تعلم أن لدي نشاطات سياسية، لكنّها كانت تنظر إلي كطالب علم يحبّه الأساتذة وكبار العلماء".