المتحف المركزيّ:

يحتفظ هذا المتحف ببعض الآثار الباقية من عمارة الحرم في العصور السابقة، وعلى هدايا وتحف مُهداة إلى حرم الإمام الرضا (عليه السلام) خلال القرون والأجيال؛ فهو يضمّ اليوم أوّل حجر رخاميّ وُضع على المرقد الطاهر، ويعود تأريخه إلى سنة ٥۱٦ هـ، وهو غاية في الفنّ. ويضمّ أيضاً أنواعاً من السجّادات الثمينة والقناديل الذهبيّة والستائر الفاخرة والمطرّزات والأواني واللوحات المذهّبة، إضافة إلى الأقفال الذهبيّة والمنابر التاريخيّة والتصاوير، وما إليها من النفائس.

وهذا المتحف هو أقدم متاحف مجموعة العتبة الرضويّة، إذ كان إنشاؤه سنة ۱۳٦٥ هـ. وموقعه - في ضمن مجموعة متاحف الحرم - عند الضلع الشرقيّ لرواق الإمام الخمينيّ (‏رحمه الله) في جنوب شرقيّ الحرم الشريف، ومدخله من صحن الكوثر.

متحف القرآن والنفائس:

افتُتح هذا المتحف سنة ۱٤۰٥ هـ بمساحة ۸۰۰ متر مربّع، وهو يضمّ اليوم حوالي ۱۲۰ قطعة من النفائس النادرة، وعلى رأسها نسخ ثمينة من المصاحف المخطوطة والمطبوعة، وأهمّها المصاحف التي تُنسَب إلى عدد من أئمّة أهل البيت‏ (عليهم السلام) مكتوبة على جلد الغزال، إضافة إلى مصاحف أخرى مرتَـَّبة في المتحف وفق التسلسل الزمنيّ لكتابتها ويحوي هذا المتحف أيضاً لوحات فنيّة بريشة فنّانين كبار. ويُدخَل إلى هذا المتحف من صحن الكوثر أيضاً.