إن الهندسة المعمارية الإسلامية التي استخدمت في بناء المرقد الطاهر وامتازت بتصاميمها الخاصة والحديثة، كانت مثار إعجاب وانبهار كل من شاهدها عن كثب. وأن البناء الداخلي للحرم الذي أقيم على أربع قواعد، يوحي بعظمة خاصة للضريح.
ويقع الضريح جنوب العاصمة طهران ويعد منارة للثقافة الإسلامية والإيرانية بسب هندسته التي تجسد الفن الإسلامي والزخرفة. وصممه فنانون ومعماريون إيرانيون ويعد أضخم ضريح في العالم.
ومرقد سماحة الإمام الخميني الذي يشتهر في إيران بـ (الحرم المطهر)، شيّد في أقصى نقطة من جنوب طهران الى جوار قبور الشهداء في مقبرة (جنة الزهراء)، ويعد في الحقيقة مؤسسة كبيرة وفريدة من نوعها.
وفي ليلة الرابع عشر من خرداد وفيما كان إمام الأمة يلفظ أنفاسه الأخيرة، عقد اجتماع في جماران حضره المرحوم الحاج السيد أحمد الخميني وعدد من أعضاء مكتب الإمام وعلماء الدين في قم وطهران وكبار المسؤولين في الدولة، وتمت مناقشة الآراء حول مكان دفن سماحته. وعرض كل واحد من المسؤولين والقادة وعدد من المراجع وعلماء الدين وجهات نظرهم ومقترحاتهم.
وبعد أن حدد الحاضرون المكان المناسب لدفن الإمام الخميني الراحل، تقرر بناء على وجهة نظر المرحوم حجة الإسلام والمسلمين الحاج السيد أحمد الخميني وآخرين، أن يدفن جثمان الامام الخميني (قدس سره) بالقرب من شهداء الثورة الإسلامية العظام ومقبرة جنة الزهراء (بهشت زهراء).
وقد تم إرسال فريق للبحث عن الموقع واختيار المكان المناسب بالنسبة لجنة الزهراء وضواحيها. وبعد البحث والتحري استقر الرأي على المكان الحالي، وقد تم شراء الأرض من صاحبها بالتعاون مع منظمة جنة الزهراء.
يشار إلى أن المصادر المالية لهذا المشروع العظيم ثم تأمينها من التبرعات الشعبية والمساعدات ومساهمات المؤسسات والمراكز والنذورات والأوقاف.
وخلال الفترة ما بين رحيل الإمام الخميني الكبير (ره) ومرور أربعين يوماً ، تم تعيين الحدود الأولية للحرم استناداً إلى مركزية الضريح الطاهر.
وتم تسقيف المكان عبر الاستعانة بالإمكانيات المتوافرة في فترة قياسية. ومن ثم شيدت القبة الرئيسية من ثمانية أعمدة وعلى ارتفاع ثمانية أمتار. كما شيدت أربع منائر احتلت مواقعها في الجهات الأربع: الشمال والجنوب والشرق والغرب.
وضريح روح الله الخميني (ره) مقبرة تضم قبور روح الله الخميني وبعض أفراد أسرته مثل ابنه الثاني أحمد الخميني بالإضافة لبعض الشخصيات السياسية البارزة مثل الرئيس الإيراني الأسبق علي أكبر هاشمي رفسنجاني ونائب الرئيس الأسبق حسن حبيبي والشخصية البارزة في الثورة الإسلامية صادق طباطبائي والسياسية مرضية حديدجي.