وكتب قائد الثورة الإسلامية، في رسالة العزاء بالمناسبة، ما يلي:
"بسم الله الرحمن الرحيم"
أعزي برحيل "آية الله السيد محمد بجنوردي" (رحمه الله)، الي ذوي المغفور له وأسال الباري عزّوجل ان يتغمده في رحمته وغفرانه.
"السيد علي الخامنئي"