وتم بناء هذا المسجد بين الأعوام 1051 و1073 الهجرية والتي تزامنت مع عهد الملك صفي والملك عباس الثاني وذلك علي يد طبيب حكيم يدعي محمد داوود خان والمعروف بتقرب خان.

كما تم بناء هذا المسجد علي أنقاض مسجد جورجير وهو من البنايات التي تعود إلي القرن الرابع الهجري.

ووفقاً للنقوش المتواجدة فإنّ المهندس المعمار لهذا المبني هو محمد علي ابن الأستاذ علي بيك الأصفهاني.

والذي يجعل مسجد الحكيم واحداً من أروع المساجد في العصر الصفوي هو القيمة المعمارية الفريدة له والنقوش العديدة التي خطت علي يد الأستاذ محمد رضا إمامي وهو الخطاط الشهير في العصر الصفوي.

أما الأجزاء الأخري الملفتة للنظر في هذا المبني، فهو المحراب الجميل الذي زُين بالأقواس والنقوش التي خطت بخط الثلث والتي لها خلفية بلون أزرق أو سماوي.